Cubes sind eine weitere Art der spieleigenen Währung. Sie können wie Qredits auch für Scope-Upgrades und spezielle Waffen (Ordnance-Nachschub) verwendet werden.

Die einzigen Ausnahmen bilden dabei das Nanobot Refresh Pack und der Full Energy Recharge. Hier sind bisher nur Cubes als zulässiges Zahlungsmittel zugelassen.

Cubes können nicht wie Qredits im Spiel gesammelt werden. Sie sind lediglich durch Kauf via PayPal oder das Rekrutieren (Recruit) erhältlich.